문석봉은 1851년 경북 현풍군(현 경북 달성군 현풍면)의 한미한 선비가문에 장남으로 태어났는데 그의 신분은 거의 평민이나 마찬가지였다고 해도 과언이 아니었다. 조상들의 관계 진출은 미미하였는데 다만 문석봉의 9대조가 임진왜란 때 의병을 일으켜 왜적을 물리친 공으로 선략장군훈련봉사의 직을 받았고, 6대조가 대구감영에서 성 쌓는 일로 공을 세워 성축감이 되었을 뿐이다.

문석봉은 어려서부터 무인으로서의 자질을 보여 주었다. 12세 때인 1861년 죽궁을 쏘아 소뿔을 맞히기로 했는데 백발백중이었다고 한다. 이 소문을 들은 어사 김화영이 술사 이성구를 통해 『육도삼략』을 비롯한 병서를 보내 주어 공부하였다. 1870년에는 이성구와 함께 ‘고견암’이라는 암자에 기거하면서 3년간 무술을 익히고 『주역』을 탐독하였으며, 25세 때인 1875년에는 중국의 금릉으로 건너가 침술을 비롯한 한의학을 3년간 수학하였다.

문석봉은 32세 때인 1882년에 전라도 지역의 세곡을 조운선으로 서울에까지 운반하는 조운리(漕運吏)가 되었다. 그러나 그의 첫 관리생활은 순탄하지 못하였다. 그가 세곡을 싣고 목포 인근을 지날 때 전라도 지역의 기근 상태를 보고 정부의 허가 없이 곡식을 풀어 굶주리는 사람들에게 나누어 주었고, 정부에서는 체포령이 내려졌다. 그는 “나라를 속인 것은 죄이나 이 백성들은 어찌 나라 사람이 아니겠는가. 쌀을 중히 여겨 백성을 버리는 일은 차마 못하겠다!”라 하고 전라도의 방장산으로 들어갔다.

문석봉은 41세 때인 1891년 고향의 수문동에서 친척인 문용현과 함께 영파재를 짓고 빈민자제에게 한학을 교육하였다. 이 때 현풍군수 윤병이 그의 소질과 능력을 듣고 군내를 순찰하여 비적을 방어하는 임무를 맡겼다. 이를 인연으로 윤병이 과천군수로 옮겨갈 때 책실로 수행하여 포군장이 되었다.

문석봉은 1893년 5월에 비로소 무과에 병과로 급제하여 경복궁오위장이 되었으며 그해 12월에 진잠 현감에 제수되었다. 그러나 다음해 3월 모친상을 당하여 과천의 본가로 돌아갔다.

문석봉은 1894년 11월 양호소모사의 직에 임명되어 공주부에서 근무하게 되었다. 이때는 동학 농민군이 득세하던 시기였으며 충청지역에서는 그가 현감으로 재직하였던 공주부지역이 특히 심하였다. 문석봉은 진잠을 비롯하여 연산, 은진, 진산, 여산은 물론 청산, 보은 등지에까지 수차례 출정하여 동학 농민군 진압에 출중한 공을 세웠다. 이와 같이 문석봉의 동학 농민군 진압작전이 성공적으로 이루어지자 연산을 비롯한 인근 6읍의 주민들이 진잠 지역에 선정비를 세워 그의 공을 기리기까지 하였다.

소모사로써 동학 농민군 진압에 공을 세운 문석봉은 동학 농민군을 ‘동적(東賊)’이라 표현 하는 등 비판적인 시각을 가지고 있었음에도 불구하고 동학에 대한 지나친 탄압에는 반대하였다. 그가 체포한 동학접주 박만종이 공주부에서 처형당하자 이를 애석히 여기며 충청도 관찰사와 의견 대립을 하였고, 동학 농민군의 주력 부대가 패하여 흩어진 이후에도 각 지역의 유생들이 향민들을 모아 ‘의병’이라 칭하고 동학농민군을 공격하여 죽이는 일이 계속되자, 이는 ‘의병’이 아니라 ‘분병(忿兵, 성을 내고 원망하는 군대)’이라 비판하며 애석해 하였다.

문석봉은 1895년 2월초에 신영 영장으로 근무하게 되었다. 그러나 얼마 지나지 않아서 문석봉이 공주부에 구금되는 사건이 발생하였다. 문석봉이 일본군을 토벌하기 위해 공주의 관병에게 신식훈련을 시켰다는 고발이 있었기 때문이다. 이로 인해 문석봉은 체포되어 서울 경무청에 구금되어 실형을 선고 받았다. 이러한 사실은 문석봉의 의병활동이 을미사변 직후에 구체화되기는 하였지만, 이미 1895년 2월에 계획, 준비되었음을 알 수 있는 것이다. 동학농민군을 진압하는 과정에서 일본군의 위압적이고 무자비한 탄압, 거기에 비해 조선 정부의 나약함을 보고 그의 척왜론은 강화되었으며, 의병을 조직하여 외세를 물리쳐야 한다는 것을 일찍부터 깨달았던 것이다.

1895년 6월 석방된 문석봉은 8월에 명성황후의 시해 소식을 듣고 “천고에 없는 강상의 대변”이라고 통분하였으며, 국모의 복수를 위하여 의병을 일으켜 흉적을 토벌하고자 하였다. 그는 의병을 일으키기 전인 9월초 서울에 올라가 을미사변 직후의 분위기를 파악하였으며, 여러 인사들을 만나 봉기의 뜻을 밝히고 동조세력을 확보하고자 한 것으로 보인다. 이때 민영환이 문석봉의 뜻을 듣고 환도 한 자루를 풀어 주며 격려 했다.

문석봉이 영남 출신으로 유성에서 기병한 것은 의병을 모으기에 유리할 것으로 판단한 때문일 것이다. 문석봉은 유성과 인접한 진잠현의 현감을 역임하였으며, 이 일대는 양호소모사로서 동학 농민군을 토벌하며 인근의 백성들로부터 신망을 받아 선정비까지 세워진 곳이었다. 또 서울에서 동조 세력을 확보하고자 할 때 거의에 찬동한 송근수, 신응조가 바로 회덕과 진잠의 사족이었던 것처럼 이 지역이 의병을 일으킬 수 있는 이념적 바탕이 강하였던 것도 중요한 이유가 될 것이다.

문석봉은 공주 출신의 김문주, 옥천 출신 오형덕, 회덕의 사족 송도순 등과 함께 회덕, 대전, 진잠, 유성 일대에서 의병을 모아 유성에서 기병하였다. 문석봉은 부대를 편성한 후 회덕현을 급습하여 무기고에 있는 무기를 탈취하여 무장한 다음 공격의 목표를 공주부 관아로 잡았다. 300여 명의 의병은 유성을 거점으로 진잠을 점령한 뒤 공암을 거쳐 공주를 향해 진격하였다. 그러나 의병 부대는 공주 와야동(현재, 공주시 소학동)에서 매복해 있던 관군에게 패하고 말았다.

문석봉은 패하여 흩어진 이후 오형덕 등과 함께 경상도 고령 초계 등지에서 다시 봉기를 준비하였다. 문석봉은 우선 고령 현감에게 원조를 요청하고, 이어 감역 김희순으로부터 군자금 지원을 약속 받기도 하였다. 그러나 고령현감의 고변으로 체포되어 대구부에 구금되고 말았다.

문석봉은 옥고를 치르면서 몸이 극도로 쇠약해졌음에도 불구하고 1896년 봄 최은동, 오형덕 등과 함께 감옥을 부수고 탈옥하여 재봉기를 시도할 정도로 의병 투쟁에 대한 의지가 열렬하였다. 탈옥한 이후 과천에 올라왔으나 문석봉의 집은 이미 일본군에 의해 불태워져 있었다. 이후 서울에 들어와 정계의 요로들과 접촉을 시도하여 재기를 준비하였고, 이어 원주로 내려가 ‘도지휘’가 되어 각도 의병장들에게 통문을 돌리며 제천의 유인석 의병 등과 연락을 주고받았다. 그러나 문석봉은 그해 11월 19일 쇠약해진 몸으로 병사하고 말아 의병을 일으킨 큰 뜻을 끝내 이르지 못하고 말았다.